El mundo está en guerra por la mayor fuente de poder que existe: el Gran Cristal. Los jugadores deberán agruparse para formar un escuadrón de élite de exploradores, quienes se aventurarán a reunir piezas del Gran Cristal para proporcionar energía al planeta mientras combaten contra hordas de monstruos.

FINAL FANTASY EXPLORERS se enfoca en el juego cooperativo con amigos, utilizando un refinado sistema de grupos que permite a los exploradores dominar más de 20 trabajos. Cada uno de ellos ofrece singulares maneras de derrotar o incluso de reclutar a los monstruos más poderosos del reino. Los jugadores tendrán la habilidad de invocar los poderes de eidola como Ifrit y Bahamut, así como de transformarse en personajes legendarios de la serie de FINAL FANTASY por medio de la habilidad Trance. La funcionalidad multijugador está habilitada a través de la comunicación inalámbrica de Nintendo 3DS.