O mundo está em guerra pelo controle da maior fonte de energia que existe, o Grande Cristal. Os jogadores devem se unir para formar um esquadrão de Exploradores de elite que se aventurará para coletar fragmentos do Grande Cristal e fornecer energia ao planeta enquanto enfrenta hordas de monstros.

FINAL FANTASY EXPLORERS é focado em jogabilidade cooperativa com amigos e faz uso de um sistema de grupos refinado que permite que os Exploradores dominem mais de 20 classes, cada uma dotada de maneiras únicas de derrotar e até mesmo recrutar os monstros mais fortes do reino. Os jogadores terão a habilidade de invocar os poderes de eidolons como Ifrit e Bahamut e de se transformarem em personagens lendários da série FINAL FANTASY através da habilidade Trance. A funcionalidade multijogador é ativada através da comunicação sem fio do Nintendo 3DS.